El Bosque de San Francisco del Cabo, está ubicado en el cantón Muisne, provincia de Esmeraldas, uno de los principales problemas que sufre el bosque es la deforestación, de la cual una de las actividades responsable de la mayor destrucción es la camaronera, y el poco mangle que queda está amenazado por la extracción de tanino y las construcciones navales.
En el Bosque de San Francisco del Cabo se pueden encontrar cuatro variedades de mangle (Rhizophora, Avicena, Laguncularia y Acrostichum aureum).

En el cantón Muisne la extensión de la ganadería ha causado un amplio desbroce. Las tasas anuales de deforestación que se manejaron en el Ecuador durante las décadas 1980 y 1990 varían entre 60.000 y 340.000 hectáreas anuales. Más de la mitad de la producción maderera del país proviene de la Costa.

La reserva ecológica Mache Chindul, del cantón Muisne, se encuentra amenazada por la siembra de eucalipto tropical.

En el área del Bosque coexisten cinco grupos étnicos: Awa, Chachi, Epera, Afros y Mestizos; de toda la población el 50% son inmigrantes de Manabí y los pobladores que han emigrado tienen su nueva residencia en el Guayas.

La Fundación Cabo San Francisco  ha desarrollado talleres de educación ambiental y organizado viveros de caña guadua y hoy por hoy cuentan con la aprobación de un proyecto PPD; a pesar de estos esfuerzos hay muchas necesidades básicas por satisfacer a los pobladores por lo que en el futuro cercano piensan intervenir en alternativas de generación de ingresos.